Historické období Egypta začalo na přelomu třetího a čtvrtého tisíciletí před narozením Krista. Starobylá kulturní tradice, procházející vlivem nájezdníků a vnitřních otřesů, trvala až do přijetí křesťanství ve čtvrtém století našeho letopočtu. Za téměř tři a půl tisíce let procházel seznam a funkce egyptských bohů významnými změnami. Egyptští bohové získali rysy a jména charakteristická pro jejich sousedy – Asyřané, Chetité, Hyksósové, Heléné.
Po sjednocení Egypta pod vládu jediného vládce vstoupilo do společného panteonu mnoho bohů jednotlivých regionů a kmenů země, ale většina z nich byla uctívána pouze v prostředí, kde jejich kult vznikl. Někteří bohové postupně získali společný egyptský význam. Bohyně Bastet, která má kočičí hlavu, nepochybně vyrostla z kultu uctívání koček jako strážců zásob obilí z myší. Zemědělství hrálo v Egyptě obrovskou roliroli, na rozdíl např. od Hellas, která se zvedla především díky obchodu a vojenským výbojům. Antropomorfní egyptští bohové byli často obdařeni hlavou zvířete, na základě jehož uctívání ten či onen kult vznikl. Například bůh Thoth měl hlavu ibise, bohyně Sokhmet (Sekhmet) měla hlavu lva, Anubis měl hlavu psa.
Jak se některé oblasti země rozrůstaly, došlo ke změně dynastií nebo „přesunu“hlavního města na nové místo, změnili se i egyptští bohové „první řady“. Zajímavostí staroegyptského náboženství byla přítomnost velkého množství kosmogonických mýtů (tedy verzí o vzniku světa) a v každé lokalitě sehrálo hlavní roli v této obtížné záležitosti místní božstvo.
Egyptské bohy v tak velkém počtu, kteří se stali základem místního separatismu, bezpochyby nepotřebovala jediná země. Četné kulty si navíc vyžádaly vynaložení velkého množství materiálních prostředků, které mohly být vynaloženy s mnohem větším prospěchem na vnitřní uspořádání země, na údržbu armády a tak dále. A díky velkému bohatství a vlivu kněžské klany přímo ohrožovaly jedinou moc faraona.
Když vezmeme v úvahu všechny věci, faraon Amenhotep IV., který přijal jméno Achnaton, zavádí kult menšího regionálního božstva Atona (zbožštěného slunečního disku) jako běžné egyptské náboženství. Ale setrvačnost tradice byla příliš silná a Achnaton umírá před dosažením věku čtyřiceti let. Podle nejpřesvědčivější verze bylotrávený. Pravda, pronásledování se rodiny nedotklo a jeho žena (slavná Nefertiti) zůstala naživu mnoho let po smrti svého manžela.
Po perském a později helénském převzetí země začnou egyptští bohové a bohyně postupně ztrácet svůj dřívější vliv a upadat. Splývají s bohy útočníků. Například Alexandr Veliký byl v Egyptě uctíván jako syn Dia-Amona, synkretického egyptsko-helénistického božstva.
Když egyptští bohové, jejichž jména měla místní i smíšený původ, začali ustupovat novému náboženství – křesťanství, začalo postupně zapomnění staroegyptského písma. Za vlády císaře Konstantina zemřel poslední nositel egyptské náboženské tradice, načež byla dlouhá staletí známá jména staroegyptských bohů pouze ze spisů řeckých a římských historiků. Oba se ale seznámili s egyptskou kulturou v době, kdy již upadala, a je nepravděpodobné, že by kněží zasvěcovali cizí (často agresivní) do tajů jejich náboženství.
Arabští vědci i Evropané opakovaně prováděli pokusy o rozluštění starověkých hieroglyfů, ale bez úspěchu. A teprve na začátku devatenáctého století se brilantnímu lingvistovi Francoisi Champollionovi podařilo najít klíč k rozluštění egyptských textů. Od té chvíle začala moderní éra studia historie a kultury starověkého Egypta.
